शिवसेनाप्रमुख बाळासाहेब ठाकरे यांना छगन भुजबळ यांनी अटक केली होती असा सातत्याने प्रचार केला जातो आणि त्याविषयी शिवसैनिकांमध्ये छगन भुजबळ यांच्याविषयी कटुता निर्माण केली जाते मात्र या प्रकरणी माजी उपमुख्यमंत्री असलेले छगन भुजबळ यांनी प्रतिक्रिया दिली असून, ‘ आपण कधीच बाळासाहेबांना अटक व्हावी म्हणून प्रयत्न केला नाही. त्यांचे आणि माझे प्रेमाचे संबंध होते. आमचा वाद हा केवळ मंडल कमिशन बाबत होता ,’ असे म्हटले आहे.
नाशिक येथील एका पत्रकार परिषदेत बोलताना छगन भुजबळ म्हणाले की, ‘ मंडल आयोगाच्या शिफारशी वरून मतभेद झाल्यामुळे आम्ही शिवसेनेतून बाहेर पडलो होतो. डॉक्टर बाबासाहेब आंबेडकर यांच्या पुतळ्याच्या विटंबना प्रकरणात माझे नाव सामनामध्ये छापून आले होते मात्र न्यायालयाने मला त्यावेळी निर्दोष सोडले म्हणून मी बाळासाहेब ठाकरे यांच्या विरोधात अब्रुनुकसानीचा दावा दाखल केला होता.
1992 च्या दंगलीप्रकरणी बाळासाहेब ठाकरे यांना अटक करण्याची फाईल गृहमंत्री म्हणून माझ्याकडे आली होती. न्यायालयाच्या निर्णयावर मी केवळ त्यावर सही केली हाच काय तो माझा दोष होता का ? तत्कालीन पोलीस आयुक्त यांना मी बोलावून बाळासाहेब ठाकरे यांची पोलिस कस्टडी न घेण्याचे सांगितले होते मात्र गरज पडली तर केवळ घराला कस्टडी करा असेही सांगितले होते. याचा अर्थ मी बाळासाहेब ठाकरे यांना अटक व्हावी म्हणून प्रयत्न केले असा होत नाही.
1992 च्या दंगलप्रकरणी माझे नाव सामनामध्ये आल्यानंतर मी अब्रुनुकसानीचा दावा दाखल केला होता मात्र कोर्टात जाऊन त्यानंतर केस मागे घेतली असेही ते पुढे म्हणाले. सोबतच शिवसेनेतील वाद मिटविण्यासाठी वेळ द्यावा लागेल मात्र शिवसेना संपणार नाही तसेच कोणत्याही मराठी माणसाला शिवसेना संपवावी असे वाटणार नाही असे राज्यातील सद्य परिस्थितीवर मत त्यांनी व्यक्त केले आहे.